폐업신고 후에도 등록면허세가 나오는 이유, 신고가 한 곳이 아닙니다

저는 세무사를 통해서 대리로 폐업신고를 했습니다. 맡겼는데도 절차가 생각보다 복잡하더군요. 사업자등록 폐업신고는 「부가가치세법」이 정하는 세무서 신고이고, 통신판매업이나 음식점처럼 허가·등록·신고가 필요한 영업의 폐업신고는 근거법과 관청이 따로 있습니다. 세무서 쪽을 끝냈는데 등록면허세 고지서가 다시 오는 일이 생기는 것도 여기서 갈립니다.

이 글은 폐업을 정리하는 순서를 법령 조문 기준으로 짚습니다. 세무서에 내는 신고와 관청에 내는 신고가 어떻게 나뉘는지, 폐업일은 며칠로 적는 것인지, 부가가치세와 종합소득세는 언제까지 신고하는 것인지까지 다룹니다. 인터넷에는 “15일 이내”, “20일 이내” 같은 서로 다른 숫자가 돌아다니는데, 그 숫자들이 어느 조문에서 온 것인지도 함께 정리했습니다. 다만 업종별 인허가 절차는 개별법마다 달라 이 글에서 전부 다루지 않고, 구조까지만 설명한 뒤 소관 관청 확인을 안내합니다.

세무서에 낸 폐업신고가 닿지 않는 곳

사업자등록을 한 사업자는 폐업을 하면 “지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고”해야 합니다(「부가가치세법」 제8조제8항). 이 조문은 사업자등록증을 발급받은 사업자(같은 조 제7항)를 대상으로 합니다.

문제는 이 신고가 세무서에서 끝난다는 점입니다. 통신판매업 신고를 한 사업자는 “영업을 휴업 또는 폐업”할 때 별도로 신고해야 하는데, 근거가 「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률」 제12조제3항이고, 받는 곳도 공정거래위원회 또는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장입니다(같은 법 시행령 제17조). 식품위생법도 마찬가지여서, 영업허가를 받은 자가 폐업할 때(제37조제3항)와 영업신고 대상 영업이 폐업할 때(제37조제4항) 각각 신고 의무를 따로 정합니다.

무엇을 닫나	근거 법령	어디에 내나	조문이 정한 시기
사업자등록	「부가가치세법」 제8조제8항	사업장 관할 세무서장	지체 없이
통신판매업	「전자상거래법」 제12조제3항	공정거래위원회 또는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장 (시행령 제17조)	미리 (시행령 제17조)
식품위생법상 영업	「식품위생법」 제37조제3항·제4항	식품의약품안전처장 또는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수·구청장	제37조제3항·제4항과 시행규칙 제44조에서 일수 기한을 확인하지 못했습니다(조문이 기한을 배제한다고 정한 것은 아닙니다)

한 곳에서 처리할 수 있는 길도 법령에 있습니다. 「부가가치세법 시행령」 제13조제5항은 “허가를 받거나 등록 또는 신고 등을 하여야 하는 사업의 경우” 주무관청에 휴업(폐업)신고서를 “제출할 수 있으며”, 신고서를 받은 주무관청은 “지체 없이 관할 세무서장에게 그 서류를 송부”하도록 정합니다. 반대 방향도 같아서, 해당 법령상의 신고서를 세무서장에게 제출하면 세무서장이 주무관청에 송부하도록 되어 있습니다. 관청 안내에서 “원스톱”, “통합폐업신고”라고 부르는 것이 이 조항입니다.

다만 표현이 “할 수 있습니다”입니다. 시행령 제13조제5항은 주무관청에 신고서를 “제출할 수 있으며”라고 적고, 휴업(폐업)신고서 서식의 참고사항도 “주무관청에 제출해야 하는 해당 법령상의 신고서(예: 폐업신고서)를 함께 제출할 수 있습니다. 이 경우 세무서장은 해당 신고서를 주무관청에 보냅니다”라고 적고 있습니다(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제9호서식). 함께 제출하지 않은 경우가 어떻게 처리되는지는 이 서식에 적혀 있지 않아 이 글에서 확인하지 못했습니다. 신청 전에 관할 세무서와 소관 관청 양쪽에 확인해 두시는 편이 안전합니다.

폐업 전후에 챙길 세금 일정 전반은 개인사업자 세금 신고 시기에 따로 정리해 두었습니다.

통신판매업을 안 닫으면 등록면허세가 계속 나오는 이유

등록면허세가 매년 나오는 근거는 「지방세법」 제35조제2항입니다. “면허의 유효기간이 정하여져 있지 아니하거나 그 기간이 1년을 초과하는 면허”에 대해서는 “매년 1월 1일에 그 면허가 갱신된 것으로 보아” 보통징수 방법으로 매년 등록면허세를 부과합니다. 반대로 유효기간이 1년 이하인 면허는 면허를 할 때 한 번만 부과합니다.

통신판매업이 여기에 걸립니다. 「지방세법 시행령」 [별표 1]은 등록면허세를 부과할 면허를 종별로 나누는데, 제3종 89호가 “「전자상거래 등에서의 소비자 보호에 관한 법률」 제12조제1항에 따른 통신판매업의 신고”입니다. 같은 호에 전화권유판매업 신고와 다단계판매업·후원방문판매업 등록도 함께 묶여 있습니다.

제3종의 세율은 「지방세법」 제34조제1항이 지역별로 정합니다.

면허 종별	인구 50만 명 이상 시	그 밖의 시	군
제3종(통신판매업 신고 등이 속함)	40,500원	22,500원	12,000원
참고 — 제1종	67,500원	45,000원	27,000원
참고 — 제5종	18,000원	7,500원	4,500원

표의 지역 구분은 같은 조 제2항·제3항이 따로 정합니다. “특별시·광역시는 인구 50만 이상 시로 보되, 광역시의 군지역은 군으로 본다”(제3항)이고, 특별자치시와 도농복합형태 시는 “시에 적용되는 세율이 적합하지 아니하다고 조례로 정하는 동지역은 제외”하고 동지역을 시로, 그런 동지역을 포함해 읍·면지역을 군으로 봅니다(제2항). 이 금액은 「지방세법」 제34조제1항의 세율이며, 조례에 따른 가감이 있는지는 이 글에서 확인하지 못했습니다. 실제 고지액은 관할 시·군·구에서 확인하시기 바랍니다.

납부 시기도 조문을 그대로 읽어야 합니다. 제35조제2항은 납기를 “조례로 정하는 납기”로 정하고 있어, 지방자치단체마다 다를 수 있습니다. 인터넷에서 “매년 1월에 부과된다”는 설명을 보게 되지만, 조문 자체는 납기를 조례에 위임하고 있으므로 관할 지자체 공고를 확인하시는 편이 정확합니다.

통신판매업 폐업신고를 언제 하느냐는 「전자상거래법 시행령」 제17조가 정합니다. 조문의 표현은 “미리” 신고서를 제출해야 한다는 것이고, 폐업신고를 하는 경우에는 종전의 신고증을 첨부하되 “신고증을 분실하거나 신고증이 훼손되어 첨부할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고서에 적어야” 한다는 단서가 붙어 있습니다. 신고증을 받아 둔 적이 없어 조회가 안 된다는 사례가 많은데, 이 단서가 그 경우를 다루는 부분입니다.

신고를 하지 않은 경우에 대해서는 「전자상거래법」 제45조제4항제3호가 1천만원 이하의 과태료를 규정합니다. 이 금액은 법이 정한 상한이며 실제 부과액이 아닙니다. 실제로 얼마가 부과되는지는 별도의 부과기준에 따르는데, 그 기준은 이 글에서 확인하지 못했습니다.

이미 납부한 등록면허세에 대해서는 「지방세법」 제37조제2항이 “면허유효기간의 종료, 면허의 취소, 그 밖에 이와 유사한 사유로 면허의 효력이 소멸한 경우에는 이미 납부한 등록면허세를 환급하지 아니한다”고 정합니다. 같은 조 제1항의 환급은 “면허증서를 발급받거나 송달받기 전에” 신고납부한 사람이 면허신청을 철회하는 등의 경우로 한정되어 있습니다. 이미 부과된 고지분을 취소할 수 있는지는 이 두 항이 답하고 있지 않아 확인하지 못했습니다. 관할 시·군·구 세무부서에 문의하시기 바랍니다.

폐업일은 며칠로 적어야 하나

폐업일의 기준은 「부가가치세법 시행령」 제7조제1항이 정합니다. 합병·분할로 폐업하는 법인이 아닌 경우(제3호)는 “사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날”이 폐업일이고, “폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는” 폐업신고서의 접수일로 봅니다. 신고서를 낸 날이 아니라 실제로 사업을 접은 날이 기준이라는 뜻입니다.

사업을 시작하기 전에 등록만 해 둔 경우에는 별도 규정이 있습니다. 같은 조 제3항은 사업 개시일 전에 사업자등록을 한 사람이 “사업자등록을 한 날부터 6개월이 되는 날까지 재화와 용역의 공급실적이 없는” 때에는 그 6개월이 되는 날을 폐업일로 본다고 하면서, “사업장의 설치기간이 6개월 이상이거나 그 밖의 정당한 사유로 인하여 사업 개시가 지연되는 경우에는 그러하지 아니하다”는 단서를 두고 있습니다.

기한을 두고는 설명이 엇갈립니다. 검색해 보면 “15일 이내”, “20일 이내”, “지체 없이”, “법정 기한이 없다”가 함께 나옵니다. 조문을 열어 보면 이렇게 적혀 있습니다.

인터넷에서 보이는 설명	조문의 문언	그 숫자가 실제로 있는 자리
폐업신고 “20일 이내”	「부가가치세법」 제8조제8항 = “지체 없이”	같은 조 제1항의 사업자등록 신청(개업) 기한이 “사업 개시일부터 20일 이내”
폐업신고 “15일 이내”	같은 조 제8항 = “지체 없이”	통신판매업 변경신고 기한(「전자상거래법 시행령」 제16조제1항)이 “변경사항이 발생한 날부터 15일 이내”
“법정 기한이 없다”	일수는 없지만 “지체 없이”라는 문언은 있습니다	—

개업 조항과 변경신고 조항의 숫자가 폐업신고 설명에 섞여 든 것으로 보입니다. 다만 그 경위를 저희가 확인한 것은 아니므로, 확인된 범위는 “조문에는 지체 없이라고 적혀 있고, 15일과 20일은 다른 조문의 기한”이라는 사실까지입니다.

폐업 부가세 확정신고는 정기신고와 별개인가

폐업하면 과세기간 자체가 끊깁니다. 「부가가치세법」 제5조제3항은 “사업자가 폐업하는 경우의 과세기간은 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일부터 폐업일까지”라고 정합니다. 그리고 제49조제1항은 확정신고 기한을 정하면서 괄호로 “폐업하는 경우 제5조제3항에 따른 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일”을 따로 적어 두었습니다.

즉 정기신고를 한 번 더 하는 것이 아니라, 폐업일에서 끊긴 마지막 과세기간분을 그 기한에 신고하는 구조입니다. 이미 끝난 과거 과세기간분은 원래의 기한이 따로 있습니다.

면세 농산물을 원재료로 쓰던 음식점이나 제조업이라면 이 마지막 확정신고에서 챙길 항목이 하나 더 있습니다. 의제매입세액 공제신고서는 부가가치세 신고와 함께 내도록 되어 있는데, 의제매입세액공제의 공제율과 한도율은 근거 법령이 서로 달라 적용기한도 1년 차이가 납니다.

참고로 국세청 안내와 신고서 서식에는 “폐업일이 속한 달의 말일부터 25일 이내”라는 표현이 쓰입니다(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제9호서식 유의사항). 법률 조문의 표현은 “다음 달 25일”입니다. 두 표현이 언제나 같은 날을 가리키는지는 기간 계산 규정까지 대조하지 않아 확인하지 못했습니다. 이 글은 법률 문언을 기준으로 적습니다.

신고를 한 번에 처리할 수 있는 방법도 있습니다. 「부가가치세법 시행령」 제13조제3항은 폐업하는 사업자가 “부가가치세 확정신고서에 폐업 연월일과 그 사유를 적고 사업자등록증을 첨부하여 제출하는 경우에는 폐업신고서를 제출한 것으로 본다”고 정합니다.

다음해 5월에 종합소득세가 남습니다

사업을 접은 해에 소득이 있었다면 그 소득은 다음 해에 신고합니다. 「소득세법」 제70조제1항은 “해당 과세기간의 종합소득금액이 있는 거주자”가 종합소득 과세표준을 “그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지” 신고하도록 정합니다. 과세표준이 없거나 결손금이 있는 거주자도 포함됩니다.

확정신고를 하지 않아도 되는 예외는 제73조제1항에 있는데, 각 호는 “근로소득만 있는 자”, “퇴직소득만 있는 자”, “공적연금소득만 있는 자”처럼 소득의 종류로만 정해져 있습니다. 각 호에 “폐업한 자”라는 항목은 두고 있지 않습니다. 다만 조문이 폐업을 명시적으로 배제한다고 적은 것은 아니므로, 본인의 소득 구성이 어느 호에 해당하는지는 개별 확인이 필요합니다.

법정신고기한까지 신고하지 않으면 「국세기본법」 제47조의2제1항에 따라 무신고가산세가 붙습니다. 비율은 무신고납부세액의 100분의 20이고, 부정행위인 경우 100분의 40(역외거래는 100분의 60)입니다. 곱하는 대상이 “무신고납부세액”이라는 점은 조문에 명시되어 있습니다.

신고를 미룬 상태로 두면 무엇이 남나

관할 세무서장은 등록한 사업자가 “폐업(사실상 폐업한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)한 경우”에 “지체 없이 사업자등록을 말소”하도록 되어 있습니다(「부가가치세법」 제8조제9항). 말소의 기준은 신고 행위가 아니라 폐업이라는 사실입니다. 다만 그 사실이 세무서에 전달되기 전까지 등록은 그대로 있고, 과세기간과 확정신고 의무도 앞의 제5조제3항·제49조제1항이 정한 대로 이어집니다.

정리하면 미루는 동안 남는 것은 세 갈래입니다. 첫째, 확정신고 기한을 넘기면 「국세기본법」 제47조의2의 무신고가산세 대상이 됩니다. 둘째, 「전자상거래법」 제45조제4항제3호는 “제12조제2항 및 제3항에 따른 신고를 하지 아니한 자”, 즉 통신판매업의 변경신고와 휴업·폐업·영업재개 신고를 하지 않은 경우에 1천만원 이하의 과태료를 규정합니다. 셋째, 인허가 면허가 남아 있고 그 면허의 유효기간이 정해져 있지 않거나 1년을 초과하는 경우에는 「지방세법」 제35조제2항에 따라 매년 1월 1일에 갱신된 것으로 보아 등록면허세가 다시 부과됩니다.

「부가가치세법」에서 폐업신고를 하지 않은 것 자체에 어떤 벌칙이나 과태료가 붙는지는 이 글에서 확인하지 못했습니다. 벌칙 조항을 전수 확인하지 않았기 때문입니다. 관할 세무서 또는 국세상담센터에서 확인하시기 바랍니다.

업종에 따라 개별법이 따로 무겁게 정한 경우도 있습니다. 예를 들어 「식품위생법」 제97조제1호는 제37조제3항·제4항을 위반한 자에 대해 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금을 정합니다. 이것은 식품위생법상 영업의 폐업신고에 관한 규정이고, 「부가가치세법」상 사업자등록 폐업신고와는 근거법이 다릅니다. 인터넷에서는 이 조항이 폐업신고 전반의 벌칙처럼 인용되기도 하는데, 본인 업종의 소관 법령과 관청을 먼저 확인하시는 편이 정확합니다.

세무사에게 맡겨도 내 손에 남는 일

앞에서 적었듯이 저는 세무사를 통해 대리로 신고했습니다. 그런데도 절차가 생각보다 복잡했습니다. 구체적으로 어느 서류가 몇 장이었는지, 며칠이 걸렸는지는 지금 기억나지 않습니다.

서식을 열어 보면 대리 신고 자체는 정식으로 마련되어 있습니다. 휴업(폐업)신고서에는 위임장 란이 있고, “납세자의 위임을 받아 대리인이 휴업·폐업신고를 하는 경우에는 아래의 위임장을 작성하시기 바랍니다”라고 안내합니다. 대리인의 성명·주민등록번호·전화번호와 신고인과의 관계를 적게 되어 있어, 가족이 대신 가는 경우도 이 란을 사용합니다. 제출서류는 사업자등록증 원본(폐업신고를 한 경우), 포괄양도·양수한 경우에는 사업양도·양수계약서 사본이고 수수료는 없습니다. 홈택스에서도 신청할 수 있다고 서식에 적혀 있습니다.

같은 서식에는 폐업자 멘토링 서비스 신청란도 있는데, 안내 문구가 “세무대리인을 선임하지 못한 경우 신청 가능하며, 서비스 제공 요건을 충족하지 못한 경우 서비스가 제공되지 않을 수 있습니다”입니다.

대리를 맡겼을 때 인허가 쪽까지 함께 처리되는지는 위임의 범위에 달린 문제입니다. 이 글에서 조문으로 확인한 것은 세무서 신고와 인허가 신고의 근거법과 관청이 다르다는 사실, 그리고 두 신고서를 함께 제출할 수 있는 길이 시행령과 서식에 마련되어 있다는 사실까지입니다. 맡기더라도 인허가 쪽 신고가 위임 범위에 들어 있는지 먼저 확인해 두시면 나중에 고지서로 확인하는 일을 줄일 수 있습니다.

폐업 사실을 증명하는 서류가 필요할 때는 시점을 확인하셔야 합니다. 서식 주석은 “폐업사실증명서는 사업이 실제로 종료된 사실을 확인해 주는 서류로서 폐업일이 지나기 전에는 발급할 수 없습니다“라고 적고 있습니다. 신고서에 신청 여부를 표시하는 란이 따로 있습니다.

폐업을 정리하는 김에 함께 보시면 좋은 제도로는 희망리턴패키지 점포철거비와 노란우산공제 공제금과 해약환급금이 있습니다. 앞의 것은 폐업일에 따라 한도가 갈리고, 뒤의 것은 폐업으로 받는지 스스로 해지하는지에 따라 소득의 종류가 달라집니다.

자주 묻는 질문

정리

폐업신고는 한 곳으로 끝나지 않습니다. 사업자등록은 「부가가치세법」 제8조제8항에 따라 세무서에, 통신판매업은 「전자상거래법」 제12조제3항에 따라 공정거래위원회 또는 시·군·구청에, 식품위생법상 영업은 제37조제3항·제4항에 따라 소관 관청에 각각 신고합니다. 인허가 면허를 닫지 않으면, 그 면허의 유효기간이 정해져 있지 않거나 1년을 초과하는 경우에 한해 「지방세법」 제35조제2항에 따라 매년 1월 1일에 갱신된 것으로 보아 등록면허세가 다시 부과됩니다. 유효기간이 1년 이하인 면허는 면허를 할 때 한 번만 부과합니다.

기한은 조문마다 다릅니다. 폐업신고 자체는 “지체 없이”, 폐업 부가가치세 확정신고는 폐업일이 속한 달의 다음 달 25일, 종합소득세는 다음 연도 5월 1일부터 31일까지입니다. “15일”은 통신판매업 변경신고, “20일”은 사업자등록 신청 기한으로 각각 다른 조문에 적혀 있습니다.

지금 하실 일은 하나입니다. 본인 사업에 허가·등록·신고가 있었는지부터 확인하고, 있었다면 그 소관 관청을 함께 적어 두는 것입니다. 그 목록이 있어야 세무서 신고서와 함께 낼 수 있고, 등록면허세 고지서를 다시 받는 일도 줄일 수 있습니다.

출처 및 기준일

• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제5조 과세기간 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제8조 사업자등록 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 제49조 확정신고와 납부 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제7조 폐업일의 기준 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행령 제13조 휴업·폐업의 신고 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 부가가치세법 시행규칙 별지 제9호서식 휴업·폐업 신고서 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제70조 종합소득과세표준 확정신고 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제73조 과세표준확정신고의 예외 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 국세기본법 제47조의2 무신고가산세 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 전자상거래법 제12조 통신판매업자의 신고 등 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 전자상거래법 제45조 과태료 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 전자상거래법 시행령 제16조 통신판매업자의 변경신고 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 전자상거래법 시행령 제17조 영업의 휴업·폐업 또는 휴업 후 영업재개의 신고 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 지방세법 제34조 세율 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 지방세법 제35조 신고납부 등 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 지방세법 제37조 이미 납부한 등록면허세에 대한 조치 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 지방세법 시행령 별표 1 면허의 종류와 종별 구분 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 식품위생법 제37조 영업허가 등 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 식품위생법 제97조 벌칙 (2026-08-05 확인)
• 국가법령정보센터 — 식품위생법 시행규칙 제44조 폐업신고 (2026-08-05 확인)

기준일: 2026년 8월 5일. 위 조문은 확인일 기준 시행 중인 법령을 옮긴 것입니다.

이 글은 법령 조문을 정리한 일반적인 정보이며, 특정 사안에 대한 세무·법률 자문이나 세무대리가 아닙니다. 제도·세율·서식은 개정될 수 있고 등록면허세 납기는 지방자치단체 조례로 정해져 지역마다 다를 수 있습니다. 신고 전에 관할 세무서와 소관 관청, 국가법령정보센터에서 현재 기준을 확인하시기 바랍니다.

—